O caso Alstom também será alvo de investigação do MPF (Ministério Público Federal) em São Paulo. O objetivo do procurador do MPF Rodrigo de Grandis é saber se a empresa de engenharia francesa cometeu crimes de evasão de divisas e lavagem de dinheiro no Brasil.
A empresa já vem sendo alvo de investigação por autoridades da França e Suíça e pelo Ministério Público Estadual de São Paulo, por suspeição de pagamento de propina para vencer licitações de compra de equipamentos para obras de expansão do Metrô paulista nos anos de 1995 a 2003.

De acordo com a assessoria do MPF em São Paulo, o procedimento administrativo sobre o caso Alstom está sob sigilo e o procurador Rodrigo de Grandis deverá se pronunciar apenas quando tiver concluído a investigação.

No Ministério Público Estadual paulista, além da investigação sobre o eventual pagamento de propina para as obras de expansão do Metrô, outros contratos da empresa francesa com empresas do governo paulista, como a CTEEP (Companhia de Transmissão de Energia Elétrica Paulista, privatizada há dois anos) , CPTM (Companhia Paulista de Trens Metropolitanos), Cesp (Companhia Energética de São Paulo), Eletropaulo e Sabesp (Saneamento Básico do Estado de São Paulo), também devem ser investigados.
Sexta-feira, o Partido dos Trabalhadores anunciou a intenção de instalar uma CPI para investigar as relações do PSDB paulista com a Alstom.

Dentre os alvos de investigação propostos pelo PT está o atual presidente da CTEEP, José Sidnei Colombo Martini, que em 1999 deixou a diretoria da Alstom para assumir a presidência da companhia energética, que estava sob a gestão do governo paulista.
Colombo foi responsável pela condução do processo de privatização dessa companhia, em 2006, na gestão do então governador tucano Geraldo Alckmin.