Alves ficou conhecido pelo seu envolvimento com a máfia dos Anões do Orçamento na década de 90. O ex-parlamentar João Alves foi declarado como um dos "anões" do escândalo de roubo de recursos do orçamento da União, em 1993. Na época ele pertencia ao PPR, atual PP.
CPI – A CPI do Orçamento descobriu um esquema envolvendo o então deputado federal e "laranjas" que atuavam em seu nome. Ele renunciou no dia 25 de março de 1994 para escapar da cassação e da perda de direitos políticos, mas não voltou a se candidatar.
O ex-deputado jamais admitiu seu envolvimento no esquema. Repetia, para quem quisesse ouvir, que seu patrimônio havia sido obtido graças "a Deus e à sorte". Para justificar o seu alto padrão de vida, alegava ser um ganhador contumaz de loterias – teriam sido 221 prêmios.
Tanta sorte não o livrou da condenação, juntamente com outros "anões", como Genebaldo Correia, que hoje é prefeito de Santo Amaro da Purificação, no recôncavo baiano. Na época, a CPI do Orçamento cassou os mandatos de seis deputados: Ibsen Pinheiro (RS), Carlos Benevides (CE), Fábio Raunheitti (RJ), Feres Nader (suplente, RJ), Raquel Cândido (RO) e José Geraldo Ribeiro (MG). Ibsen Pinheiro foi inocentado em 1999 pelo STF (Supremo Tribunal Federal).
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