Em uma entrevista coletiva realizada no salão do Senado dos Estados Unidos, Makiya disse que a proposta de uma autoridade iraquiana interina deve começar com o completo desaparecimentos de quem apóia Saddam Hussein e filiados ao partido oficialista Baath.

"Da mesma forma como seria inimaginável contar com altos membros nazistas no governo alemão do pós-guerra depois da Segunda Guerra Mundial, tampouco seria imaginar líderes do partido Baath ou gente associada com o regime (de Saddam Hussein) estar envolvida em uma futura administração do Iraque", disse Makiya. O novo governo deve estar "livre de partidários Baath de qualquer classe e de altos comandantes das forças armadas iraquianas", completou.

Makiya ajudou o Departamento de Estado dos EUA nos grupos de trabalho que se encarregaram de desenhar estratégias para um governo de pós-guerra no Iraque. Para ele, os oficiais iraquianos devem ser julgados pelos crimes de guerra que ocorreram muito antes da incursão armada da coalizão anglo-americana no Iraque. "É muito importante não delimitar os crimes de guerra às últimas duas ou três semanas", disse Makiya, que escreveu um livro em que faz uma crônica dos abusos do regime de Saddam Hussein.

Makiya afirmou ainda que apóia a anistia para os oficiais iraquianos de baixo escalão, assim como para os cidadãos iraquianos que participaram de crimes de guerra, por considerar que de outra forma "muita gente poderia ser acusada".