Com orçamento de R$ 202 milhões, menos da metade dos R$ 464 milhões previstos pela da Prefeitura de São Paulo para a merenda escolar em 2009, o governo do Estado gerencia direta ou indiretamente 700 milhões de refeições por ano - mais que o dobro das refeições fornecidas por ano na rede municipal (320 milhões). A disparidade levantou suspeitas do Ministério Público Estadual, que investiga suposta formação de cartel, fraude e corrupção.

Na Prefeitura, o fornecimento da merenda foi terceirizada, enquanto no Estado as escolas recebem os alimentos comprados de forma direta. A Secretaria Municipal da Educação afirma ser "impossível" comparar os gastos. O DSE (Departamento de Suprimento Escolar) é responsável pela merenda no Estado e atende 1.684 escolas de forma direta, em 21 cidades.

O Departamento de Merenda Escolar da Prefeitura atende 1,1 milhão de alunos em quase 3 mil escolas, servindo 1,6 milhão de refeições por dia. Com 200 dias letivos, cada refeição custaria em média R$ 1,45. O DSE do Estado atende de forma direta (cobre 100% da refeição) 1,6 mil escolas, servindo 1 milhão de refeições por dia para 1,2 milhão de alunos. Só com esses estudantes, o DSE gasta R$ 84 milhões em 200 milhões de refeições por ano, o que faria o custo médio de cada refeição ser de R$ 0,42. A Secretaria Estadual da Educação diz, porém, que esse valor é 54,7% maior (R$ 0,65). Esse custo, ao contrário da merenda terceirizada, não incluiria a mão de obra.

A comparação entre gastos do Estado e da Prefeitura com a merenda chegam a resultados semelhantes aos de estudo da Fipe (Fundação Instituto de Pesquisas Econômicas), que constatou que a terceirização representava custo 3,6 vezes maior para a Prefeitura do que a merenda direta. "Aqui não tem santo. Há denúncias de fraudes tanto na merenda direta quanto na terceirizada", disse o promotor Silvio Antônio Marques.