A maior delas possivelmente foi a entrada da Venezuela no Mercosul, feita à revelia do Itamaraty. Apesar de concordar com a suspensão do Paraguai, Patriota foi contrário a que se usasse a suspensão para incorporar os venezuelanos. Dilma, no entanto, conseguiu um parecer da Advocacia Geral da União e mandou tocar adiante a operação. O ministro passou meses defendendo uma ação que desaprovava nos bastidores da diplomacia.
Durante a Rio+20, a presidente e o chanceler tiveram outro atrito. Apesar de ser a anfitriã, Dilma, que estava na reunião do G20, no México, não queria fazer o discurso de abertura do encontro no Rio. Auxiliares próximos puderam ouvir a discussão dos dois, por telefone. A presidente terminou por discursar.
Outra crise aconteceu pouco depois do início da guerra civil na Síria. A delegação brasileira havia sido a principal negociadora de uma nota mais dura - "com dentes", como disseram alguns diplomatas - mas, antes de aprovar a votação, a presidente quis saber como votariam os demais membros do Conselho de Segurança. Ao saber que não havia unanimidade, mandou a missão brasileira se abster, o que causou enorme irritação entre os diplomatas.
Há cerca de um ano, Patriota era dado como "demitido" por auxiliares da presidente. Pouco afeita às firulas da diplomacia, a presidente se irritava com questões levadas pelo chanceler e via pouca utilidade em algumas das viagens que Patriota insistia que ela fizesse. Ainda assim, tinha dificuldades de encontrar um substituto.
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