Ele, juntamente com outras 36 pessoas (entre elas familiares), são acusados de apropriação indevida de dinheiro público, no período em que administrava a capital. O desvio do montante teria ocorrido nas obras de construção da avenida Água Espraiada e do túnel Ayrton Senna.

De acordo com informações da defesa de Paulo Maluf, a decisão da 4ª Vara da Fazenda municipal foi proferida em total desrespeito "a autoridade das diversas decisões desta Suprema Corte acerca da presunção de constitucionalidade da lei que estabeleceu a prerrogativa de foro aos atuais e ex-chefes do Executivo, nas três esferas de Poder". O ex-prefeito pede a concessão de liminar para suspender os efeitos da declaração de indisponibilidade de seus bens, e a suspensão da ação civil a que responde até o julgamento final da Reclamação.