Padilla, um ex-pandilheiro convertido ao islamismo e rebatizado Abdullah Al Muhajir, iniciou suas pesquisas no Paquistão, nas instalações do grupo fundamentalista Al-Qaeda onde teria se encontrado com seu líder, Osama Bin Laden, acusado dos ataques terroristas de 11 de setembro. Padilla também se encontrou com Abou Zubeida, um de seus conselheiros que está preso nos EUA, segundo um documento da acusação.

O documento diz que "Zoubeida e Padilla discutiram o plano de construção e ativação de uma bomba de radioatividade, ao que parece, em Washington". O documento ainda diz que a data do atentado ainda não havia sido definida e a operação estava apenas no início. O documento também precisa que o suspeito esteve "ligado a membros da Al-Qaeda", mas segundo uma "fonte anônima", citada pelo departamento de Justiça, não era considerado membro da rede liderada por Bin Laden.

Em 9 de junho, o presidente George W. Bush ordenou a detenção de Padilla sob o estatuto de "combatente inimigo". Esta confirmação da administração Bush foi resposta a um pedido de um juiz nova-iorquino emitido em 31 de julho passado. O estatuto de combatente inimigo autoriza a justiça militar a prender um suspeito sem acusações formais e ainda o impede de escolher seu advogado.