A história de Brotas começa por volta de 1839, quando a capela de Santa Cruz foi construída, dando início ao povoado. A igreja mantém até hoje, restaurada, a imagem de uma santa portuguesa do século 19 tida como padroeira da cidade: Nossa Senhora das Brotas. Reza a lenda que o nome vem das origens da fundadora do vilarejo, Dona Francisca Ribeiro dos Reis.

Descendente de portugueses católicos e devota da santa, ela teria prestado homenagem dando seu nome ao local, que se tornou distrito de Araraquara em 1841 e foi transferido para Rio Claro em 1853. Seis anos depois, em 22 de agosto de 1859, passou a ser município.

A região de Brotas apresenta número considerável de acidentes geográficos de grande interesse. A economia é baseada na agropecuária, principalmente no cultivo de cana-de-açúcar e laranja - que gera a maior parte da mão de obra -, apesar da crescente importância no turismo de aventura.