Auditoria do Ministério da Educaçao (MEC) sobre o censo escolar de 1999 concluiu que foram declarados 103.207 alunos a mais do que o número efetivo de matrículas no ensino fundamental (de 1.ª à 8.ª séries), em 12 Estados. O MEC já cortou os alunos fantasmas do censo escolar, que é usado para o cálculo de repasse dos recursos do Fundo de Manutençao e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e Valorizaçao do Magistério (Fundef) aos Estados e municípios.

O Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas (Inep) do MEC, responsável pela auditoria, identificou os maiores erros no registro da quantidade de alunos nos Estados do Piauí (19.173 a mais), Pará (17.215), Bahia (15.110) e Alagoas (11.813). Também passaram pela auditoria Amazonas, Goiás, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraíba, Pernambuco, Rio de Janeiro e Rondônia. Nao se divulgou a responsabilidade pelos erros: se da escola que preencheu os questionários para o censo escolar, dos municípios ou dos Estados, encarregados da entrega do levantamento dos alunos ao MEC.

Foram alvo da auditoria aqueles municípios onde houve um crescimento enorme de matrículas ou o número apresentado superou o da populaçao de 7 a 14 anos daquela localidade. Nesse processo de revisao do censo, muitos Estados entraram com recursos alegando ter sido contabilizado número menor de estudantes do que o realmente matriculado. Esse foi o caso de Sao Paulo que teve mais 1.049 alunos somados aos 5.564.567 inicialmente identificados pelo censo, no ensino fundamental.

Estados e municípios recebem recursos do Fundef proporcionalmente ao número de alunos, por isso a importância de se ter dados confiáveis. O Fundef é um fundo de natureza contábil composto por 15% dos principais impostos de cada Estado e seus respectivos municípios. Com esse fundo, o governo federal passou a complementar investimento no ensino fundamental para as cidades em que o valor aplicado por aluno/ano fosse inferior a R$ 315,00. Para este ano, o valor mínimo passará para R$ 333,00 (de 1ª à 4ª série) e R$ 349,65 (de 5ª à 8ª série).

Pesquisa feita pelo Inep aponta o Fundef como responsável pelo aumento médio de 12,9% nos salários dos professores. No Nordeste, esse reajuste atingiu 49,6%. Segundo o MEC, a redistribuiçao de recursos proporcionada pelo Fundef significou um ganho real de receita de 22,7% para as redes municipais de ensino, em virtude da transferência de recursos dos Estados, dos municípios que nao possuem rede e da complementaçao do governo federal. Ainda de acordo com o MEC, o Fundef beneficiou especialmente 2.159 municípios das regioes mais pobres do país, a maioria do Norte e Nordeste e das regioes metropolitanas (com exceçao das capitais) carentes de recursos e de infra-estrutra social.