Dentre as principais propostas da PEC estão a instituição do controle externo do Judiciário e do Ministério Público, por meio de conselhos nacionais de 15 membros, formados por magistrados, procuradores, advogados e representantes da sociedade civil, indicados pelo Senado e pela Câmara dos Deputados; a súmula vinculante das decisões do Supremo Tribunal Federal (STF), que passará a ser obrigatoriamente seguida pelas instâncias inferiores de primeiro e segundo graus; e a súmula impeditiva de recurso a tribunais superiores sobre decisões de juízes de primeira instância, sempre que elas coincidirem com súmulas do Superior Tribunal de Justiça (STJ).

A reforma do Judiciário prevê ainda a quarentena de três anos para que juízes possam atuar nos tribunais de origem, medida extensiva aos membros do Ministério Público vetados de atuar perante tribunais nos quais oficiavam; a proibição de nepotismo apenas no Judiciário e Ministério Público, objetos da reforma apresentada, impedindo a contratação em cargo em comissão de cônjuge e parentes até segundo grau, exceto nos casos em que o parente ingressar na carreira por concurso, quando não poderá atuar junto ao magistrado ou procurador de que é parente; ingresso na magistratura apenas para quem tenha o mínimo de três anos de atividades judiciais como advogado e prazo de três anos de exercício na magistratura e Ministério Público para que seus membros possam ter garantida a vitaliciedade no cargo, que somente poderá ser cassada por decisão judicial transitada em julgado ou por decisão da maioria absoluta dos respectivos conselhos nacionais.

O Procurador-Geral da República, atualmente de indicação pessoal do Presidente da República, por quem é nomeado após aprovação do Senado, passará a ser escolhido, segundo a PEC da reforma do Judiciário, em eleição direta dos membros do Ministério Público da União, em lista tríplice submetida ao Presidente da República e ao Senado.

O acesso ao STF também será modificado, não podendo ser indicado pelo Presidente da República ao Senado quem, nos três anos anteriores, tenha exercido cargos eletivos de Presidente e Vice-Presidente da República, senador e deputado federal, governador e vice-governador, ou tenha ocupado cargos de Procurador-Geral da República, de Advogado-Geral da União, presidente nacional da OAB (Ordem dos Advogados do Brasil) ou quem seja parente em até segundo grau de membro da corte.

A PEC da reforma do Judiciário aprovada pela CCJC do Senado prevê ainda a criação da Escola Nacional de Formação e Aperfeiçoamento da Magistratura, sob coordenação do STJ; a equivalência de emenda constitucional aos tratados e convenções internacionais sobre direitos humanos, que serão aprovados por decisão em dois turnos do Senado e da Câmara; a federalização dos crimes contra os direitos humanos, que passam à instância da Justiça Federal; a extinção dos tribunais de alçada, cujos membros passam a integrar os Tribunais de Justiça dos respectivos Estados; e a redução gradativa do número de membros do Superior Tribunal Militar a um representante de cada uma das três forças armadas e paridade deles a três representantes civis, entre outras modificações.