Muitos micróbios são úteis e importantes para os seres vivos. Os decompositores, por exemplo, transformam restos de plantas e animais em sais minerais, que servem de alimento para as plantas. Alguns vivem nas raízes de vegetais fornecendo materiais que os ajudam a crescer. Outros, como bactérias, são usados para limpar o meio ambiente, no tratamento de esgotos e redução da poluição da água.

Há ainda os que são utilizados na fabricação de alimentos. Um dos ingredientes do pão é a levedura, tipo de fungo que libera gás (dióxido de carbono) e faz com que a massa cresça. O iogurte tem bactérias que transformam o açúcar do leite em ácido láctico. Queijo, vinagre e muitos outros alimentos também têm em sua composição seres vivos invisíveis.

Até no corpo humano há micróbios importantes. Os que vivem no intestino ajudam a regular o funcionamento e o protege de outros micro-organismos que podem causar infecções. Há tipos que vivem na pele e só fazem mal se conseguirem entrar no corpo. Os que moram na faringe podem causar infecção se a imunidade (proteção do corpo) estiver baixa.