Se aproveitarem o fator mando no primeiro turno classificatório da Série A-3 de 2006, São Bernardo e Grêmio Mauaense terão boas possibilidades de conseguir a passagem para a etapa de quadrangulares. Cada um jogará cinco partidas como mandante no primeiro turno classificatório e quatro como visitantes. O São Bernardo, que subiu da Segunda Divisão, abre o campeonato no dia 28 de janeiro, contra o São Vicente, no estádio 1º de Maio, em Vila Euclides. O Mauaense joga no dia 29, em Osasco, diante do ECO-Osasco.

Além do São Vicente, o São Bernardo receberá o próprio Mauaense, no confronto regional do dia 8 de fevereiro, Itararé, ECO-Osasco e Independente. As partidas no primeiro turno como visitante de um dos quatro integrantes da A-3 (os outros são Osvaldo Cruz, Santacruzense e São Carlos) serão com Primavera, Flamengo (Guarulhos), São José e Santacruzense.

O Grêmio Mauaense faz a estréia como mandante na segunda rodada, contra o Santacruzense, dia cinco de fevereiro. Os outros jogos serão com São José, São Vicente, Independente e Itararé. As saídas do Mauaense, além do ECO-Osasco, ocorrerão contra São Bernardo, Primavera e Flamengo.

Quatro – Assim como em 2005, a A-3 promoverá quatro equipes para a A-2 de 2007. Na primeira fase, em turno e returno, os quatro melhores colocados de cada grupo passam para a etapa de quadrangulares, também em ida e volta. O campeão e vice de cada quadrangular já garantem o acesso. Os campeões de grupos nos quadrangulares fazem uma partida que servirá somente para a definição do título. Ao final da primeira fase, os dois piores de grupos, num total de quatro, caem para a Segunda Divisão.

Em 2005, subiram para a A-2 Grêmio Barueri, XV de Piracicaba, Palmeiras-B e Rio Claro. Para a Segunda Divisão, desceram Ecus (Suzano), Taboão e Jaboticabal, além do Internacional, de Bebedouro, que sequer iniciou participação na última temporada.