Na segunda fase da competição, os oito clubes formam dois grupos com quatro em cada. Os times se enfrentam, dentro dos seus grupos, em turno e returno, classificando-se para a terceira fase as duas equipes com o maior número de pontos ganhos nos respectivos grupos.
Na terceira fase, as quatro equipes classificadas jogarão entre si em turno e returno, sagrando-se campeã quem somar o maior número de pontos ganhos nessa fase, sendo assim promovida à divisão de elite do futebol paulista em 2005.
Os grupos ficaram formados assim: Grupo 3 – Francana (1º do Grupo 1), Nacional (2º do 2), Taubaté (3º do 2) e Taquaritinga (4º do 1). Grupo 4 – Internacional (1º do 2), Botafogo (2º do 1), Bandeirante (3º do 1) e Flamengo (4º do 2). O São José foi rebaixado para a Série A-3.
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