Miller é suspeito de fazer "jogo duplo" e orientar a JBS no acordo de delação premiada, quando ainda era do Ministério Público Federal. Ele deixou o cargo de procurador no MPF no dia 5 de abril e foi trabalhar na empresa Trench, Rossi e Watanabe Advogados, que tinha a J&F como cliente.

Antes de comparecer à CPMI, Marcelo Miller conseguiu liminar, assinada pelo ministro do Supremo Tribunal Federal (STF) Gilmar Mendes, que lhe permite o direito de se calar sobre temas que podem incriminá-lo. Por outro lado, a decisão do STF diz que o depoente deve falar sobre temas que não o incriminem.

Apesar da decisão favorável a Miller, o ex-procurador decidiu que irá responder aos questionamentos dos parlamentares, colocando-se à disposição para responder as perguntas.