A ideia do Santos é de que Alison adquira ritmo de jogo na passagem pelo Red Bull Brasil, algo que seria difícil de conseguir no Santos, que terminou a última temporada com Renato e Thiago Maia como titulares absolutos, se reforçou com Leandro Donizete, ex-Atlético Mineiro, e ainda contra com Yuri no elenco e como um dos jogadores de confiança do técnico Dorival Júnior.

Formado nas categorias de base do Santos, Alison se destacou pelo clube em 2013 e 2014. Depois, porém, sofreu para recuperar o seu espaço no time, especialmente por causa de graves lesões no joelho. No total, ele já entrou 87 vezes em campo pelo clube da Vila Belmiro, sendo apenas dez na última temporada. Ele participou dos títulos do Campeonato Paulista em 2011, 2012, 2015 e 2016, além da conquista da Recopa Sul-Americana de 2012.

Antes de Alison, o Santos também emprestou o volante Fernando Medeiros em acordo semelhante ao Botafogo de Ribeirão Preto, com retorno previsto após o encerramento do Paulistão.