Dois assaltantes tentaram roubar o carro do padre quando ele saía de casa. Segundo a polícia, ele reagiu e foi baleado. A dupla fugiu a pé depois de matá-lo. Lither foi levado para um hospital no bairro de Águas Claras, mas já chegou ao local morto.

A polícia baiana abriu inquérito para apurar o caso e ainda não tem pistas dos autores do crime.

Segundo vizinhos do sacerdote, ele trabalhava com a recuperação de jovens envolvidos com a criminalidade.