Os primeiros registros sobre a história de São Caetano datam de meados do século XVII, quando frades beneditinos povoavam áreas alagadiças denominadas Terras de Tijucussu. Nesse período, os religiosos construíram uma capela simples, com contornos pouco definidos para realizar suas orações. Em junho de 1877, imigrantes italianos embarcaram do porto de Genova com destino ao Brasil e, em 28 de julho do mesmo ano, desembarcaram nas terras de Tijucussu, onde começaram a implantar seus costumes e buscar a formação de riquezas e desenvolvimento econômico. Neste dia, os colonos começaram a contar o período em que estavam no novo país, o que mais tarde originou a data que marca o aniversário da cidade. A partir daí, a atual São Caetano, que na época era apenas uma colônia, passou a conhecer aspectos de desenvolvimento.

No final do século XIX, os moradores já podiam se locomover com mais facilidade de São Caetano para São Paulo de trem, graças à estrada de ferro implantada na região. Porém, os custos do transporte eram altos e inviáveis para a maioria da população.

Por ter abrigado os primeiros habitantes da colônia, o local hoje denominado bairro Fundação recebeu as mais importantes obras, que foram vitais para o crescimento da cidade e o início do desenvolvimento a partir dos limites do rio Tamanduateí e da estrada de ferro, ícones da época.

Além disso, as primeiras olarias, fábricas, repartições públicas e privadas, uma cadeia e o grupo escolar Senador Fláquer também se instalaram nessas terras e auxiliaram no progresso de grande parte da população.

Em 1900, a antiga capela construída pelos beneditinos foi demolida e deu lugar a uma nova construção, erguida segundo os moldes da arquitetura européia. Apesar disso, por muitos anos a igreja não tinha padres oficiais e, para realizar as celebrações, recebia religiosos vindos de São Paulo ou de São Bernardo.

No ano de 1901, São Caetano deixou de ser província de São Paulo e passou a ser distrito de São Bernardo. Nesse tempo, foram abertas as primeiras indústrias da cidade, as olarias. As terras do distrito eram inadequadas para a plantação, mas ideais para a fabricação de tijolos, atividade que rendeu a São Caetano grande fama.

Em 1906 existiam apenas duas ruas – a Vinte e Oito de Julho e a Rio Branco –, além de uma longa estrada que ligava o vilarejo à cidade de São Paulo.

Em 1928, o engenheiro Armando de Arruda Pereira liderou a primeira manifestação pela autonomia da cidade, mas não obteve sucesso. Somente na década de 40 o ideal de se tornar uma cidade independente voltou a gerar polêmica e, em 1949, São Caetano ganhou o status de município.

A igreja de São Caetano foi elevada a paróquia em 1924, e a partir dessa data passou a ter um padre responsável pelas atividades religiosas. Em 1965, com um decreto do prefeito Walter Braido, a paróquia tornou-se a primeira construção tombada pelo Patrimônio Histórico do Município, que passou a ser responsável pela manutenção do prédio.

Em 1992 foram realizadas escavações no local e encontradas partes originais da capela que foi construída pelos beneditinos no século XVIII.