A maior demanda foi constatada na linha B (Júlio Prestes-Itapevi), com 102,6 milhões de passageiros, seguida pelas linhas E (Brás-Estudantes), com 86,2 milhões, e D (Barra Funda-Rio Grande da Serra), com 52,2 milhões.
Desde 1995, a CPTM já recebeu investimentos da ordem de US$ 1,3 bilhão para ampliação do sistema e melhoria dos serviços. A partir de 2000, foi implantado o Expresso Leste, no trecho entre o Brás e Guaianazes, com a incorporação de 48 novos trens ao sistema, operando em intervalos de até seis minutos nos horários de pico.
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