Como já ocorreu na atual temporada, a primeira fase da Série A-3 paulista de 2006 vai exigir concentração total dos 20 participantes. Os quatro rebaixados para a Segunda Divisão serão conhecidos ao final da etapa inicial do campeonato, dois por grupo. Assim, os representantes do Grande ABC, Grêmio Mauaense e São Bernardo, que subiu este ano da Segunda Divisão, serão obrigados a chegar, pelo menos, na antepenúltima colocação do Grupo 2 classificatório.

No campeonato que terminou em junho, o Mauaense ficou no penúltimo lugar do grupo, mas a situação irregular de dois jogadores do Ecus salvou-o do descenso. O time de Suzano perdeu 12 pontos no TJD (Tribunal de Justiça Desportiva) e caiu para a Segunda Divisão, assim como o Taboão, de Taboão da Serra.

A Série A-3 de 2006 começa no dia 29 de janeiro e termina a 28 de maio, com a subida de quatro times para a A-2. No Conselho Arbitral do campeonato, também foi mantido o preço do ingresso – R$ 6. Caso prevaleçam dias e horários do último campeonato, o Mauaense jogará aos sábados pela manhã no estádio Pedro Benedetti, e o São Bernardo, aos sábados à tarde, no estádio 1º de Maio, na Vila Euclides.

Primeira divisão – Se no Grupo 2, o mesmo de Mauaense e São Bernardo, somente o São José disputou a primeira divisão (foi vice-campeão em 1989), no Grupo 1 a situação é bem diferente: Botafogo, Francana (rebaixados da A-2 de 2005), Matonense, Ferroviária e XV de Jaú já passaram pelo principal campeonato estadual. O Botafogo foi vice-campeão em 2001 e, da mesma forma como a Ferroviária nos anos 60, chegou a dominar o futebol do interior.

Os times do Grupo 1 são Francana, Votuporanga, Monte Azul, Barretos, Botafogo, Matonense, Ferroviária, Osvaldo Cruz, São Carlos e XV de Jaú. O Grupo 2 é composto por Grêmio Mauaense, São Bernardo, Independente, Santacruzense, Primavera, Flamengo, Itararé, ECO-Osasco, São Vicente e São José.