O incêndio começou por volta das 3h. Segundo a assessoria de imprensa da USP, as chamas foram combatidas por 13 carros do Corpo de Bombeiros. As chamas se alastraram com rapidez graças à alta quantidade de materiais inflamáveis, especialmente madeira.
Durante a madrugada, pouco antes do incêndio, ocorria uma festa na Faculdade de Fonoaudiologia da USP, ao lado do prédio de Anatomia. Não se sabe se o princípio do incêndio teve alguma relação com a festa.
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