As mudanças básicas traçadas pelo ministro para a gestão 2003/2006 se desdobram em três programas nacionais: abolição do analfabetismo, construção da escola ideal e a criação de uma nova universidade.

Paralelamente ao envolvimento com estas tarefas, o Ministério da Educação estuda modificações em alguns programas. Entre eles está o Financiamento Estudantil (Fies).

O Ministério trabalha, ainda, na elaboração de projetos de lei que serão enviados ao Congresso Nacional e que dispõem, por exemplo, sobre o piso salarial dos professores e o fim da lista tríplice para escolha dos reitores das universidades públicas federais.