Minutos depois da fuga, a polícia prendeu dois dos homens acusados de coordenar a operação. O depoimento de um deles contradiz a versão oficial. Edvaldo José da Silva, 19 anos, disse que um dos carcereiros teria permitido o acesso dele e de outros dois cúmplices ao portão de duas alas da cadeia para que conversassem com um preso identificado apenas como André. Este detento teria, então, passado duas armas ao trio pelas grades da cela.

Segundo a versão oficial, por volta das 17h de sábado três homens teriam se aproximado do portão de entrada e chamado um dos carcereiros que estavam de plantão. Quando o funcionário chegou, eles sacaram um revólver calibre 38 e uma pistola da cintura e renderam o carcereiro. Sob ameaças, ele foi obrigado a abrir a porta que dá acesso a duas alas da cadeia.

O delegado Cláudio Nomura tem 30 dias para concluir o inquérito, mas o prazo pode ser prorrogado por determinação judicial. Caso seja constatada a facilitação de fuga por parte dos carcereiros, eles podem ser penalizados com a perda do cargo ou detenção de até três anos.

A polícia também trabalha para identificar cinco pessoas mortas durante o processo de captura. Acredita-se que o grupo estava envolvido na fuga em massa pela forma em que se deram os confrontos deles com a Polícia Militar.

A Cadeia Pública de Santo André estava superlotada. Apesar da capacidade para abrigar 90 internos, possuía 449 no dia da fuga.