Desta forma, o tribunal máximo rechaçou o pedido do Conselho Supremo das Forças Armadas, que pretendia transferir as investigaçoes para a Justiça militar. A tentativa provocou uma onda de protestos de organismos de defesa dos direitos humanos e da Comissao Interamericana de Direitos Humanos, que acreditaram tratar-se de uma manobra para evitar a puniçao dos militares envolvidos no seqüestro das crianças nascidas nos centros de tortura.

Por conta da apuraçao já feita sobre o caso, o juiz federal Adolfo Bagnasco ordenou a abertura de processo e a prisao domiciliar de dezenas de ex-repressores, entre eles, o ex-presidente argentino, Jorge Videla. O juiz tenta confirmar a existência de um esquema sistemático de seqüestro de bebês, cujas maes estavam detidas.