Aos poucos, os sem-terra que invadiram e depredaram a Câmara começam a ser libertados. Atendendo a um pedido dos promotores, oito membros do MLST (Movimento de Libertação dos Sem-Terra) foram soltos. O MPF (Ministério Público Federal), alegou que não encontrou indícios de que eles tenham ajudado a organizar a invasão. Ainda estão detidos 32 integrantes do movimento, entre eles, o coordenador Bruno Maranhão, integrante da Executiva do PT.

Na terça-feira, o MPF denunciou 116 militantes do MLST por participação na invasão e depredação de instalações da Câmara em 6 de junho, entre eles, Maranhão, acusado de ser mentor intelectual da ação, que deixou 38 feridos e causou à Casa um prejuízo de R$ 106 mil. As penas, além do ressarcimento dos danos, vão de 3 a 9 anos de prisão, conforme o grau de envolvimento de cada um.

Na denúncia encaminhada à 10ªVara da Justiça Federal, os sem-terra são acusados pelos crimes de formação de quadrilha, lesões corporais leves e graves, danos ao patrimônio público e resistência qualificada. O Ministério Público também lançou mão da LSN (Lei de Segurança Nacional), criada pelo regime militar, para agravar as punições aos manifestantes.

Os procuradores da República Gustavo Velloso, Lívia Tinôco, Vinícius Alves Fermino e José Robalinho Cavalcanti, que detalharam a denúncia, avaliam que houve tentativa planejada, com motivação política, de impedir o funcionamento do Poder Legislativo, daí a opção pelo enquadramento na Lei de Segurança. Segundo Velloso, ao invadirem o Salão Verde da Câmara, os militantes impediram a entrada e a saída de cidadãos do plenário e prejudicaram os trabalhos da Casa.

Os manifestantes foram divididos em dois grupos na denúncia. No primeiro, estão os 80 militantes que estiveram na reunião em que a ação foi planejada, na véspera da invasão. O segundo grupo é formado por 35 integrantes que participaram do ato, como provam as fitas de vídeo e os autos da prisão em flagrante.

O coordenador do MLST foi denunciado em separado, com o agravante de ser acusado de autor intelectual da invasão à Câmara. Os procuradores explicaram que ele foi reconhecido como idealizador dos atos de vandalismo por testemunhas. Além disso, foram registradas várias entradas do líder do MLST na Câmara nos dias que antecederam a invasão. Segundo os procuradores, com o propósito de mapear o local.