A decisão que interrompeu as investigações foi tomada pela Quinta Câmara Criminal do TJ/RJ (Tribunal de Justiça do Estado do Rio de Janeiro), sob o fundamento de que o caso estava sendo investigado, paralelamente, por meio de inquérito instaurado pela Polícia Civil.

No recurso, o MP do Estado do Rio de Janeiro alegou que a decisão do TJ/RJ fere a Lei Orgânica Nacional do Ministério Público e o artigo 129 da Constituição Federal. O entendimento da Promotoria é o de que esses dispositivos, associados à opinião de diversos juristas e a decisões prévias dos tribunais superiores, autorizam o MP a instaurar quaisquer procedimentos, cíveis ou criminais, na busca de elementos e meios necessários à propositura de ações judiciais. Para reforçar o pedido, argumentou que as polícias Civis e Federal não têm a função privativa de instauração e condução de investigações criminais.

As alegações do MP/RJ não foram acolhidas pelo relator, ministro Paulo Medina. Dos cinco integrantes da Sexta Turma, o ministro Medina foi o único que votou pelo não provimento do recurso especial. Para o relator, a interpretação feita pelo Ministério Público com intuito de demonstrar sua legitimidade para investigações penais "estende os limites" de atribuição do órgão, afrontando dispositivos constitucionais.

No relatório que fundamentou seu voto, o ministro Medina reconhece que a Justiça brasileira ainda não sedimentou uma solução para o assunto. Ele observa, no entanto, que o texto da Lei Orgânica Nacional do Ministério Público não autoriza esse órgão a instaurar inquérito policial, mas somente a requisitar diligências investigatórias e instauração de inquéritos à autoridade policial.

A possibilidade de o Ministério Público conduzir investigações criminais também está sendo discutida no STF (Supremo Tribunal Federal). Está em curso no Tribunal o julgamento do Inquérito 1968, no qual o MPF (Ministério Público Federal) denuncia o deputado federal Remi Trinta (PL/MA) de suposto desvio de recursos do Sistema Único de Saúde (SUS) pela Clínica Santa Luzia, em São Luís (MA), da qual Trinta é sócio. O deputado sustenta que a investigação é ilegal porque deveria ter sido feita pela polícia e não por integrantes do MPF.

No último dia 1º de setembro, um pedido de vista do ministro Antonio Cezar Peluso suspendeu o julgamento do inquérito. Os ministros Marco Aurélio de Mello, relator, e Nelson Jobim votaram contra o recebimento da denúncia. Os ministros Joaquim Barbosa, Eros Grau e Carlos Ayres Britto divergiram do relator e entenderam que o Ministério Público tem poder constitucional de realizar investigações criminais.