Estrada, 64 anos, foi levado de helicóptero do quartel-general da polícia, onde estava detido desde quarta-feira, a um hospital militar da periferia da capital, disse a polícia.
Depois dos exames, ele ficará na prisão de Santa Rosa, cidade a 70 km de Manila.
Estrada foi detido por ter desviado US$ 80 milhões procedentes de fundos públicos.
Milhares de simpatizantes do ex-presidente manifestaram-se nesta quinta-feira em Manila, para pedir sua libertação.
A cela que Estrada vai ocupar será mais ampla que a do quartel-general da polícia.
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