A produção do Butantan é responsável por 75% das vacinas utilizadas pelo Ministério da Saúde. O Instituto fabrica a tríplice (difteria, coqueluche e tétano), a dupla (difteria e tétano), a BCG (tuberculose), a contra hepatite B e a contra raiva. A vacina para influenza (gripe), por enquanto é importada da França, mas a partir de 2006 o instituto irá produzi-la.

A fabricação de soros também faz parte das funções do Butantan. Em 2003 foram processadas cerca de 460 mil doses, 10% a mais que em 2002, quando foram fabricadas 422 mil. São produzidos soros contra tétano, difteria, botulismo, raiva e picada de animais peçonhentos, além do soro antimocitário, para problemas de rejeição em transplantados.

Além de fabricar vacinas e soros, o Butantan abriga quatro museus (biológico, de microbiologia, histórico e de rua), todos abertos à visitação. Além disso, tem um serpentário, inaugurado em 1914, com salas climatizadas e a finalidade de produção de venenos.