Temer também fez mudanças no Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra) e no Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama). No Incra, foi exonerado Richard Martins Torsiano do cargo de diretor de Ordenamento da Estrutura Fundiária e nomeado, para o lugar dele, Rogério Papalardo Arantes. No Ibama, saiu Márcio Rosa Rodrigues de Freitas da Diretoria de Qualidade Ambiental e entrou, em sua substituição, Jacimara Guerra Machado.

Ainda foram exonerados três diretores do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE), além de Marden de Melo Barboza, que pediu para deixar o cargo de subsecretário de Integração Regional e Comércio Exterior da Secretaria de Assuntos Internacionais do Ministério da Fazenda.