Para ser campeão da Copinha em 2016, um time terá que disputar nove partidas, sendo seis de mata-mata, em um período de no máximo 23 dias, uma vez que o torneio começa já em 2 de janeiro, um sábado, e tem a final marcada para o feriado de 25 de janeiro, aniversário da cidade de São Paulo, no Pacaembu.

Os três grandes clubes da cidade de São Paulo vão jogar nas mesmas sedes de 2015, mas agora em cidades trocadas. Barueri, que ficou com o Corinthians neste ano, receberá o São Paulo no ano que vem. Limeira, casa do Palmeiras em 2015, vai ter jogos do Corinthians em 2016, enquanto São José dos Campos, onde o time alvinegro mandou seus jogos no Paulista Sub-20, terá o grupo do Palmeiras. Também em 2014 o São Paulo jogou em Barueri e o Corinthians em Limeira.

O Santos, que este ano jogou em Lins, desta vez terá a cidade de Araraquara como sede. O Cruzeiro joga em Marília, o Inter em São Carlos, o Fluminense em Capivari (sede que não estava em 2015), o Grêmio em Itu, o Flamengo em Mogi das Cruzes e o Vasco atuará no Estádio Nicolau Alayon, em São Paulo.

Pelo modelo do sorteio, cada grupo contém um time da cidade e um time tradicional - além dos 20 times da Série A, também Santa Cruz, Botafogo, Vitória, América-MG (promovidos da Série B), Atlético-GO, Náutico, Bahia, Portuguesa e Fortaleza foram "cabeças de chave".

A única exceção é o Grupo 22, que será jogado em Ilhabela, sem uma equipe local, mas com o Atlético-MG. Em Porto Ferreira, o time da casa será o Guaratinguetá, enquanto o Guarani jogará em casa em Águas de Lindoia e o Audax será o anfitrião do São Paulo em Barueri.

A competição terá um único time estrangeiro, o Pérolas Negras, formado por jovens de um projeto social do Haiti. A equipe vai jogar em São Paulo, na Rua Javari, contra Juventus, América-MG e São Caetano.

Grupo 01 (Tanabi) - Tanabi, Chapecoense, Juventude e América-SP

Grupo 02 (São José do Rio Preto) - Rio Preto, Atlético-PR, Sport e União ABC-MS

Grupo 03 (Penápolis) - Penapolense, Santa Cruz, Vila Nova e Mirassol

Grupo 04 (Lins) - Linense, Botafogo, São Bento e Sobradinho-DF

Grupo 05 (Marília) - Marília, Cruzeiro, Comercial e Vitória da Conquista-BA

Grupo 06 (Bauru) - Noroeste, Coritiba, União Barbarense e Palmas-TO

Grupo 07 (Araraquara) - Ferroviária, Santos, Confiança-SE e América-PE

Grupo 08 (Porto Ferreira) - Guaratinguetá, Ceará, Joinville e CS Paraibano-PB

Grupo 09 (São Carlos) - São Carlos, Inter, Botafogo-SP e Serrano-BA

Grupo 10 (Leme) - Lemense, Atlético-GO, Criciúma e Rio Claro

Grupo 11 (Limeira) - Inter de Limeira, Corinthians, Bragantino e Botafogo-PB

Grupo 12 (Águas de Lindoia) - Náutico, Paysandu, Guarani e Mogi Mirim

Grupo 13 (Capivari) - Capivariano, Fluminense, Real Noroeste-ES e Água Santa

Grupo 14 (Indaiatuba) - Primavera, Avaí, Paraná Clube e Boca Júnior

Grupo 15 (Porto Feliz) - Desportivo Brasil, Porto-PE, Ponte Preta e Espigão-RO

Grupo 16 (Itu) - Ituano, Grêmio, Desportiva e Santos-AP

Grupo 17 (Barueri) - Audax, São Paulo, Paulista e Tiradentes-CE

Grupo 18 (Taboão da Serra) - Taboão da Serra, Figueirense, Fast-AM e XV de Piracicaba

Grupo 19 (Osasco) - Grêmio Osasco, Vitória, Rondonópolis-MT e Altos-PI

Grupo 20 (São Bernardo do Campo) - São Bernardo, Goiás, ABC e Galvez-AC

Grupo 21 (Taubaté) - Taubaté, Bahia, Desportiva Aliança-AL e Sabiá-MA

Grupo 22 (Ilhabela) - Atlético-MG, Desportiva Paraense-PA, Araxá-MG e River-PI

Grupo 23 (Atibaia) - Atibaia, Goiânia, Portuguesa e Brasília

Grupo 24 (Mogi das Cruzes) - União Mogi, Flamengo, Red Bull Brasil e Palmeira-RN

Grupo 25 (São José dos Campos) - São José dos Campos, Palmeiras, Sampaio Corrêa e Estanciano-SE

Grupo 26 (Guarulhos) - Flamengo-SP, Fortaleza, Luverdense e Santo André

Grupo 27 (Nicolau Alayon) - Nacional, Vasco, Guaicurus-MS e São Raimundo-RR

Grupo 28 (Rua Javari) - Juventus, América-MG, São Caetano e Pérolas Negras (Haiti)